灵异重案三组解决了蜈蚣咒杀人事件后，本以为可以稍作休息，但米花市又出现了新的离奇案件。
一天，柯南、灰原哀和毛利小五郎受邀来到了一座古老的神社。这座神社是日本三大神器之一草薙剑的供奉地之一，一直以来都有着神秘的传说和严格的祭祀仪式。
神社的主持渡边大师面色凝重地迎接了他们。“最近，我们神社发生了一系列奇怪的事情。先是供奉草薙剑的密室中出现了奇怪的符咒，接着负责祭祀的巫女们接连生病，陷入昏迷，仿佛是受到了某种诅咒。”渡边大师担忧地说道。
安倍晴雪仔细查看了密室中的符咒，脸色变得十分难看：“这是一种非常古老而邪恶的诅咒，和传说中三大神器被诅咒时出现的符咒极为相似。难道是有人想要唤醒三大神器的诅咒，引发灾难？”
柯南在密室中四处查看，发现了一些不寻常的痕迹。在草薙剑的剑柄上，有一些细微的指纹，看起来不像是神社工作人员的。
“灰原，你看这些指纹，很可能是有人故意触碰了草薙剑，才引发了这一系列的事情。”柯南说道。
灰原哀点点头：“从科学的角度来看，所谓的神器诅咒是没有依据的，但这些奇怪的现象背后肯定有人在搞鬼。”
林宇和紫菱则去调查那些昏迷的巫女，希望能找到一些线索。在巫女们的住所，他们发现了一些奇怪的草药和粉末，经过分析，这些东西可能是导致巫女们昏迷的原因。
“这些草药混合在一起，会产生一种让人昏迷的效果，看来是有人故意给巫女们下了药，然后再制造出被诅咒的假象。”林宇说道。
就在这时，柯南接到消息，另外两座供奉三大神器（八咫镜和八尺琼勾玉）的神社也出现了类似的情况。
“看来这是一场有预谋的行动，凶手的目标是三大神器。我们必须尽快找到凶手，阻止他的阴谋。”柯南说道。
众人兵分三路，分别前往三座神社调查。柯南和安倍晴雪来到了供奉八咫镜的神社，他们在神社的地下室中发现了一个神秘的符号，这个符号和之前在草薙剑神社看到的符咒有所不同，但似乎有着某种联系。
“这个符号好像是在指引着什么。”安倍晴雪说道。
经过一番研究，他们发现这个符号指向了一座古老的城堡。传说中，这座城堡曾经是一位邪恶的阴阳师的住所，他曾经试图利用三大神器的力量统治世界，但最终被封印。
柯南和安倍晴雪立刻前往城堡，在城堡中，他们遇到了重重机关和陷阱。就在他们快要陷入绝境时，灰原哀和毛利小五郎及时赶到，帮助他们解开了机关。
在城堡的深处，他们终于找到了凶手。凶手是一位名叫藤原的阴阳师后人，他对三大神器有着疯狂的痴迷，想要利用神器的力量实现自己的野心。
“你们来晚了，三大神器的诅咒已经被我唤醒，很快，这个世界将陷入混乱，而我将成为主宰。”藤原疯狂地笑道。
柯南冷静地说：“藤原，你的阴谋不会得逞的。所谓的神器诅咒只是你用来掩盖自己罪行的手段，我们已经识破了你的计划。”
就在藤原准备启动三大神器的力量时，安倍晴雪施展阴阳术，与藤原展开了一场激烈的对决。在柯南、灰原哀和毛利小五郎的帮助下，安倍晴雪最终战胜了藤原，阻止了他的阴谋。
“三大神器的诅咒只是传说，真正可怕的是人心的贪婪和欲望。”灰原哀看着被制服的藤原，感慨地说道。
案件解决后，三大神器被妥善保管，神社也恢复了往日的平静。灵异重案三组再次成功化解了一场危机，而他们也知道，未来还会有更多的挑战等待着他们。