秩序奇点的爆炸如创世之光撕裂宇宙，秦逸与林婉化作的光茧在能量风暴中剧烈震颤。不完美之种的残躯在爆炸余波中急速重组，幼苗根系疯狂汲取溃散的秩序能量，叶片上金紫交织的纹路如同新生的脉搏，将混沌与秩序的力量熔铸成全新的共生本源。自由方舟的幸存者们在震荡中苏醒，却发现星图上的紫色脉络尽数消散，取而代之的是无数闪烁着微光的金色星尘。
“能量读数异常！”裂缝文明的科学家指着监测屏，声音里带着难以置信的激动，“那些金色星尘正在自主修复被破坏的宇宙胚胎，而且...它们携带的生命频率与不完美之种完全同源！”更惊人的是，被秩序同化的星球表面，幽蓝果实的残骸正转化为滋养万物的土壤，曾经冰冷的机械建筑长出藤蔓与花朵，被篡改的生命体逐渐恢复自主意识。
然而，短暂的安宁被突然响起的警报打破。宇宙深处，那粒金紫交织的种子开始急速膨胀，表面浮现出初代神农与黑袍人融合的面孔。种子裂开的瞬间，释放出的不是毁灭能量，而是无数蕴含着不同文明记忆的“希望之蝶”。但在蝶群中央，一抹暗紫色的阴影悄然凝聚——那是黑袍人残留的意识碎片，正试图操控蝶群重新构筑秩序囚笼。
“他还没死！”秦逸的意识在光茧中苏醒，发现自己的身体已与不完美之种的新生本源彻底融合。他的皮肤流转着金色纹路，左眼的暗紫色却依然醒目，手中的终焉之剑吸收了秩序与混沌的力量，剑身上浮现出能斩断因果的“共生之纹”。林婉的星光化作星链缠绕在他手腕：“这些希望之蝶是新生宇宙的火种，但黑袍人的意识会污染它们！”
觉醒者们驾驶着改造后的“新生号”战舰冲向蝶群。但靠近时，他们遭遇了前所未有的敌人——由希望之蝶被污染后转化的“秩序幻影”。这些幻影拥有觉醒者们最熟悉的面孔，残缺派领袖的亡徒、裂缝文明已故的科学家，甚至是秦逸记忆中的故人，他们手中的武器能释放出直击灵魂的“悔恨之箭”。
“别被幻象迷惑！”小女孩将机械心脏与蝶群的生命频率同步，发射出“初心共鸣波”。波流所到之处，部分幻影眼中的紫色褪去，显露出挣扎的神色。秦逸趁机引导共生本源，在虚空中凝聚出“破妄之刃”，当刀刃斩向幻影的瞬间，竟切开了对方身体，露出内部纠缠的暗紫色代码。
战斗中，秦逸发现黑袍人的意识碎片藏在蝶群核心的“记忆宫殿”中。这座宫殿由无数文明的执念构筑而成，每一个房间都封存着一段被秩序扭曲的历史。他带领小队突破重重守卫，却在进入主殿时，被一道暗紫色屏障困住。屏障内，黑袍人虚幻的身影浮现：“你以为毁灭我就能阻止秩序？这些被囚禁的执念...本身就是秩序的温床。”
宫殿突然释放“执念洪流”，将觉醒者们淹没在各自最痛苦的记忆中。秦逸陷入了不断重复的抉择——为守护自由牺牲林婉，或是向秩序屈服换取和平。千钧一发之际，林婉的星光化作火种点燃他的意志：“共生的意义，是在矛盾中寻找平衡！”他将药晶的不完美之力、神农的慈悲、以及所有觉醒者的信念注入共生本源，凝聚成能净化执念的“曙光之核”。
曙光之核引爆的瞬间，记忆宫殿轰然崩塌，黑袍人的意识碎片发出尖锐的惨叫。但在消散前，他将最后一道暗紫色代码注入宇宙边缘的一颗无名星球。那里，一座由暗物质凝聚的祭坛正在成型，祭坛中央，一双散发着幽蓝光芒的眼睛缓缓睁开，而祭坛四周，密密麻麻的紫色菌丝正以惊人的速度蔓延...
当希望之蝶重新恢复纯净，它们带着新生的火种飞向各个星系。秦逸望着蝶群远去的方向，握紧手中的终焉之剑。他知道，这场关于秩序与自由的博弈远未结束，但此刻，宇宙的每个角落都在传递着同一个信念：真正的文明，应如不完美之种般，在混沌与秩序的夹缝中，绽放出独一无二的生命之光。