在“共生医道时代”的璀璨星芒下，宇宙表面的平静如薄冰般脆弱。林婉与秦逸沉睡后，新医道联盟推举的年轻领袖叶修，正盯着全息投影中不断跳动的数据眉头紧锁。菌裔血液与机械文明的纳米技术融合后诞生的“共生修复体”，在近百个星球出现排异反应，患者的身体正在被这种本应治愈他们的技术缓慢吞噬。
“这不可能！”叶修敲击着操作台，蓝光在他眼底闪烁，“共生协议明明经过了三千次模拟验证！”实验室的警报突然炸响，培养舱中的菌裔样本集体蜷缩成蛹状，紫色血液沸腾成诡异的黑色。更令人心惊的是，这些异变的菌裔开始传播一种无声的低语：“共生即奴役，自由需破茧”。
消息不胫而走，宇宙舆论瞬间撕裂。机械文明的保守派高举“科技至上”的旗帜，要求全面禁用菌裔技术；而部分觉醒本能医能的群体，则将异变归咎于科技对自然医疗的亵渎。自由残缺派的残余势力趁机渗透，他们在暗网散布阴谋论，宣称这是新医道联盟为巩固统治制造的“伪危机”。
远在翡翠星域的魔法议会嗅到机会，他们集结精锐法师，以“净化亵渎元素的异端”为名，对使用共生技术的星球发动“清剿行动”。魔法巨舰的炮口喷射出湮灭之光，将搭载共生医疗舱的空间站化为齑粉。一位机械文明的工程师在临终前，将自己改造成半机械半菌丝的形态，用最后的意识向联盟发送警告：“菌裔...被污染了...”
叶修紧急召集各方代表，会议现场却成了战场。机械议员甩出患者组织被菌丝腐蚀的影像，愤怒拍案；魔法使节挥舞着元素紊乱的法杖，厉声斥责；连一直支持共生理念的原始部落长老，也面色凝重地展示着被黑色菌丝侵蚀的生命古树。“必须隔离所有菌裔！”火种派的新领袖霍然起身，他的机械义眼闪过危险红光，“否则整个宇宙都将变成一场病态的实验！”
混乱中，一位年轻菌裔突然闯入会场。她的半透明身躯布满裂痕，却强行支撑着举起手臂。紫色血液在空中凝结成画面——在宇宙边缘的暗物质裂隙中，一团散发着暗紫色光芒的物质正在扭曲蠕动，无数黑色触手将菌裔族群拖入深渊。“那是...终末核心的残片！”叶修瞳孔骤缩，想起典籍中关于终焉危机的记载。
此刻，林婉与秦逸沉睡的星孩石卵突然震颤，一道微弱的金色光芒注入叶修眉心。他的脑海中闪过林婉留下的记忆片段：在焚烧忏悔录的火光中，曾有一丝暗紫色意识碎片遁入混沌。“我们被骗了！”叶修猛然站起，“这不是共生技术的缺陷，是终末核心在利用菌裔的信任，从内部瓦解新医道！”
但他的呼喊被淹没在声浪中。机械舰队已经启航，目标直指菌裔的母星；魔法咒语的轰鸣震碎了太空的寂静；而菌裔族群中，被污染者与守护者的内战一触即发。叶修握紧林婉遗留的太素残页，做出了一个危险的决定——他要孤身前往暗物质裂隙，直面终末核心的威胁，为这个摇摇欲坠的共生时代，寻找一线生机。而在他身后，混元中枢的警报声中，一个更可怕的现实逐渐浮出水面：那些被黑色菌丝侵蚀的生命体，正在形成某种超越维度的集体意识...