在林婉与秦逸的努力下，菌丝网络暂时恢复平静，但墓园地下深处传来的诡异震颤，却让两人意识到危机远未解除。随着噬医菌停止攻击，那些缠绕在墓碑上的菌丝开始主动收缩，露出一块块刻满古老符文的石板，石板缝隙间渗出幽蓝光芒，在地面勾勒出指向墓园中心的箭头。
“这些符文...是初代神农时期的医道密文。”林婉蹲下身，指尖抚过冰凉的石板，银发因符文共鸣泛起微光。秦逸的神农血脉剧烈沸腾，斧刃不自觉震颤，仿佛在回应某种古老召唤。两人对视一眼，决定顺着指引，揭开墓园地下隐藏的真相。
他们沿着符文指引，在一座巨大的玄武形墓碑下，发现了通往地底的螺旋阶梯。阶梯由半透明的晶体构成，内部封存着无数光粒，每走一步，光粒便如萤火般环绕，拼凑出残缺的医疗典籍画面。越往下走，温度越低，空气中弥漫着浓厚的能量波动，仿佛有一双无形的眼睛在暗处窥视。
当阶梯尽头的青铜巨门缓缓开启，林婉与秦逸被眼前的景象震撼——占地百里的地下空间内，悬浮着数以万计的水晶棺椁，棺中沉睡着历代医者的意识体。这些意识体或怒目圆睁，或神情安详，有的手中仍紧握着残破的医疗器械。空间中央，一座由病毒与医术能量交织而成的巨型熔炉缓缓转动，正是“医道轮回工厂”的核心。
“原来所有被封存的废弃医术，都在这里...”秦逸喃喃道。他的目光突然被一具棺椁吸引，那里面沉睡着的，赫然是秦天明的残影！尽管影像模糊，但神农血脉的共鸣让他确定无疑。林婉快步上前，却发现棺椁表面覆盖着一层暗紫色的禁制，正是噬医菌的能量结晶。
就在此时，火种派与自由残缺派的残余势力循着踪迹追来。两派首领看到轮回工厂的瞬间，眼中同时闪过贪婪。火种派首领高举归墟残能炮，嘶吼着：“毁掉这里，所有能量就都是我们的！”自由残缺派则祭出由感染者组成的“无感军团”，试图强行突破禁制。
林婉与秦逸立刻结成战阵，混元开天斧的金光与太素白发的银芒交织成网，暂时抵挡住攻击。但随着战斗持续，轮回工厂开始出现不稳定征兆，熔炉中的能量疯狂涌动，水晶棺椁也发出阵阵悲鸣。林婉意识到，一旦工厂失控，不仅历代医者的意识将永远消散，整个宇宙的医疗平衡也将彻底崩溃。
“必须释放这些意识体！”林婉大声喊道，“但...代价是守墓人要永远禁锢在此。”她的白发开始出现石化迹象，这是强行破解禁制的反噬。秦逸想要阻拦，却被林婉坚定的眼神制止。“医道的传承不能断，秦大哥的意识也必须解救。”
在两派的攻击与工厂的崩塌声中，林婉双手结出古老印诀，银发如锁链般缠绕在核心熔炉上。她的意识深入禁制内部，与噬医菌的意志展开激烈对抗。每突破一层禁制，她对情感的感知便减弱一分，脸上的表情愈发冰冷。而秦逸则以血肉之躯守护在她身边，斧刃不知劈碎了多少敌人的攻击，身上伤痕累累却半步不退。
当最后一道禁制破碎，所有水晶棺椁同时打开，数以万计的医者意识化作流光冲天而起。秦天明的残影在离开前，向秦逸投来欣慰的目光，一道金色印记悄然没入他的眉心。但与此同时，林婉的石化从发梢蔓延至脖颈，她的声音变得空洞：“秦逸...替我守护好新的医道...”
轮回工厂在意识体解放的瞬间开始坍缩，火种派与自由残缺派见势不妙纷纷逃窜。秦逸强忍悲痛，抱起逐渐失去生机的林婉冲出墓园。身后，巨大的地下空间连同轮回工厂一起化为尘埃，唯有悬浮在空中的初代神农意识碎片，闪烁着神秘光芒，仿佛在诉说着医道传承的下一个篇章。而被释放的医者意识们，则化作点点星光，散入宇宙各处，为即将到来的变革埋下伏笔。