星河重归平静的第三个纪元，新生文明在医道火种的滋养下蓬勃发展。然而，当秦逸与林婉在新落成的“万界医盟”主持庆典时，宇宙边缘的监测站突然传来警报——在曾经熵寂深渊的投影处，一枚暗羽正在吞噬空间，其表面符文竟组成了时空轮回的图案。林婉手中的《万界医典》无风自动，空白页渗出银色液体，凝结成文字：“当轮回齿轮倒转，所有救赎皆是虚妄。”
两人立即赶往异象地点，却发现暗羽周围的空间呈现出诡异的折叠态。漂浮的陨石上同时显现着过去、现在和未来的画面：有的陨石表面生长着上古神农族的图腾，有的却布满未来科技的裂痕，还有的正在经历文明毁灭的瞬间。秦逸运转神农血脉探查，竟发现自己的灵气在接触暗羽的瞬间，倒流回经脉起始之处，仿佛时间在强行重置他的力量。
“这不是普通的暗羽，它在篡改时间锚点。”秦天明融合归墟灯塔后残留的意识突然闪现，声音中带着前所未有的急迫，“符文之主在利用熵寂深渊的残余力量，构建‘轮回囚笼’。一旦成型，所有文明都将陷入无限循环的灾厄！”话音未落，暗羽爆发出刺目紫光，十二个身披黑袍、手持沙漏的身影从光芒中走出——他们正是曾在归零漩涡之战中消失的“可能性收割者”。
“观测者，欢迎来到永恒的轮回。”为首的收割者转动手中沙漏，秦逸与林婉的脚下突然出现巨大的时空漩涡。两人被卷入其中，意识瞬间陷入混乱：林婉看到自己一次次重复着救治失败的场景，眼睁睁看着文明在怀中消亡；秦逸则不断经历神农族覆灭的惨剧，无论如何努力都无法改变结局。这些幻象如同实质，每一次“死亡”都带来真实的剧痛。
“太素清心，破妄明道！”林婉咬破舌尖，将精血滴在《万界医典》上。医典爆发出柔和的光芒，驱散部分幻象。秦逸趁机引动圣物火种的力量，在周身构建起“时间锚定结界”。但收割者们同时挥动沙漏，时空法则再次扭曲，结界出现裂痕。更致命的是，远处的暗羽开始分裂，化作无数细小的“轮回之种”，射向各个星域。
“必须阻止种子落地！”两人兵分两路。林婉带领万界医盟的精锐前往机械文明星域，那里的轮回之种正侵入量子网络，导致所有智能系统陷入无限重启。她施展“太素灵网诀”，将银针化作数据流穿梭在网络中，却发现每摧毁一颗种子，就会有两颗新的种子从代码缝隙中诞生。关键时刻，她从《万界医典》中领悟“以序乱序”之法，故意引导错误代码形成悖论，最终将种子困在逻辑死循环中。
而秦逸抵达的魔法文明星球，轮回之种已与元素法则融合，创造出不断重生的“永劫魔像”。这些魔像每次被击败，都会带着更强的力量复活，且攻击方式完美克制秦逸的神农血脉。他在苦战中突然顿悟，不再执着于摧毁，而是运转“太素阴阳逆转诀”，将魔像的重生之力转化为滋养土地的生机。魔像最终消散，化作守护星球的元素精灵。
当两人汇合时，暗羽本体已膨胀成巨大的“轮回罗盘”。罗盘表面刻满所有文明的兴衰历史，指针每转动一格，就有一个星域陷入时间循环。符文之主的虚影从罗盘中浮现，他的身体由无数暗羽组成，眼中闪烁着疯狂的光芒：“你们以为能打破轮回？这整个宇宙，本就是我创造的牢笼！”
秦逸与林婉将散落宇宙的医道火种重新汇聚，圣物再度融合。在万界医盟成员的信念加持下，他们施展出融合所有医道传承的“太素轮回破”。金色光芒与轮回罗盘的紫光激烈碰撞，时空在震荡中发出不堪重负的呻吟。战斗中，秦逸发现罗盘核心处藏着符文之主的真实本体——那是一颗被熵寂之力污染的神农族心脏。
“原来...你也是受害者。”林婉的银针停滞在半空。符文之主的虚影出现裂痕，露出痛苦的神色：“在熵寂深渊中，我早已失去了自我...”趁着他的动摇，秦逸与林婉全力一击，彻底摧毁轮回罗盘。但在爆炸的余波中，他们看到更远处的虚空中，无数暗羽组成了一个巨大的“∞”符号，预示着这场关于时间与命运的博弈，仍未真正终结……