归墟灯塔残骸的警报声如丧钟般响彻星域，秦逸与林婉望着虚空中缓缓成型的暗羽星云，感受到一股超越想象的压迫感。星云表面流转着紫黑色的诡异光芒，每一道光晕扩散时，周围的空间便会出现蛛网状的裂痕，仿佛现实正在被某种力量强行撕裂。林婉怀中的《九幽医典》剧烈震颤，书页间渗出的黑色黏液在地面勾勒出不断生长的符文根系。
“这些暗羽在吞噬维度屏障。”秦逸运转神农血脉探查，却发现灵气刚触及星云边缘就被腐蚀殆尽，“如果放任不管，整个宇宙的维度结构都会崩塌。”话音未落，星云突然分裂出无数细小的暗羽流弹，每一枚流弹击中星球，都会在其表面形成吞噬一切的虚无漩涡。一颗繁华的科技星球在眨眼间被漩涡吞噬，只留下空荡荡的宇宙尘埃。
更棘手的是，暗羽星云似乎具备某种诡异的智慧。当秦逸试图用太初阴阳印攻击时，星云竟主动分化成阴阳双鱼的形态，将攻击力量引入自我循环；林婉施展“太素万灵阵”，银针编织的光网却被暗羽分解成构成其自身的符文粒子。战斗中，两人的圣物表面开始浮现出与暗羽同源的纹路，仿佛正在被反向侵蚀。
“这样下去圣物会被同化！”林婉咬破舌尖，将精血喷在幽冥药鉴上，试图唤醒初代神农的残阵。药鉴表面浮现出一幅残缺的星图，图中标记着十二个散发金色光芒的坐标——正是曾经封印《九幽医典》的水晶金字塔所在之处。秦天明的残魂在识海闪烁：“唯有集齐金字塔的‘维度锚点’，才能打破暗羽星云的侵蚀循环。”
两人立刻兵分两路。秦逸前往机械文明星域，那里的暗羽漩涡正在吞噬整个星系的量子网络。他刚踏入星域，便被无数由数据流组成的暗羽触手缠绕。这些触手能直接侵入意识层面，将他困在重复的噩梦之中——他不断目睹自己用归墟引擎毁灭宇宙，又无力阻止林婉被暗羽同化。关键时刻，秦逸运转“太素清心诀”，以神农血脉的本源之力净化意识，同时用圣物钥匙切开数据空间，找到了暗羽漩涡的核心节点。
而林婉抵达的魔法文明星球，暗羽已将元素法则扭曲成致命的诅咒。天空降下的不再是雨水，而是会腐蚀一切的黑暗咒语；生长的植物化作吞噬生命的魔物。林婉取出《九幽医典》，发现其中记载的禁忌法术竟能与扭曲的元素共鸣。她冒险施展“逆命改运咒”，将暗羽的侵蚀力量转化为治愈之光，成功净化了被污染的元素之心。
随着两人在各个星域的奋战，十二座水晶金字塔逐渐苏醒。金字塔顶端的宝石同时亮起，释放出的金色光柱在宇宙中编织成巨大的维度锚网。暗羽星云感受到威胁，分裂出更庞大的黑色军团——这些由暗羽组成的巨像，每一尊都拥有摧毁星域的力量，它们的身躯上刻满了否定生命存在的混沌符文。
最终决战在星云核心展开。秦逸与林婉将收集的维度锚点力量注入圣物，施展出融合十二座金字塔力量的“太素封魔阵”。金色光阵与暗羽巨像激烈碰撞，爆发出的能量波动让整个宇宙的时空出现了短暂的停滞。战斗中，秦逸发现暗羽星云的核心处有一个正在孕育的“虚无胚胎”，那是符文之主试图创造的新宇宙核心。
“不能让它成型！”林婉将最后的力量注入银针，“太素破虚针，灭！”银针化作贯穿维度的光芒，直刺虚无胚胎。然而，在胚胎破碎的瞬间，暗羽星云竟开始自我坍缩，形成一个能吞噬所有维度的巨型黑洞。秦逸与林婉对视一眼，同时将圣物与自身力量全部注入黑洞——他们要用神农血脉的生命力，重新构建被破坏的维度屏障。
光芒闪过，黑洞逐渐平息，暗羽星云消散在宇宙中。但在两人力竭昏迷前，他们看到遥远的虚空中，一双由暗羽组成的眼睛正在凝视着这一切，而《九幽医典》的最后一页，悄然浮现出新的预言：“当暗羽的种子扎根于所有维度，真正的终局，才刚刚开始……”