翡翠星重归平静的三个月后，无医书院的草药园里，灵植在治愈能量的滋养下绽放出璀璨光芒。秦逸手持银针为一株濒临枯萎的「回魂草」施针，林婉则用治愈能量编织成网，温柔地包裹住植株。然而，当银针触及草叶的瞬间，叶片竟诡异地化作暗紫色粉末，悬浮在空中组成扭曲的符文。
“这符文的波动...”秦逸瞳孔骤缩，“和终焉观测者残留的气息如出一辙！”两人立刻赶往熵钟圣殿，却见混元熵钟表面新生成的纹路正渗出细密的暗紫色液体，滴落在地后迅速腐蚀出深不见底的孔洞。青崖遗留的量子监测站警报大作，全息屏幕上，银河系边缘的某个无名星域，一个散发着幽光的暗紫色漩涡正在缓慢成型。
“根据计算，这个漩涡的引力场强度是黑洞的万倍，”明渊看着星图上不断扩大的红色区域，熵刃在手中发出不安的嗡鸣，“但光谱分析显示，其中蕴含着与星籽同源的能量波动。”他调出一段模糊的影像，画面中，戴兜帽的神秘人身影再次出现，这次他手中捧着一颗暗紫色的种子，正将其埋入扭曲的时空裂缝中。
秦逸与林婉决定驾驶「溯光号」先行探查，星舰的引擎注入了创世神明本源的部分力量。当他们接近漩涡时，舷窗外的景象开始疯狂扭曲：恒星被拉伸成线条，行星化作流动的光带。更诡异的是，舰内的时间流速与外界产生巨大差异，船员们的手表指针有的快如飞转，有的却逆向旋转。
“这不是自然形成的天体，”林婉的治愈能量形成探测波，却在接触漩涡的瞬间被反弹回来，“是某种超越维度的生物，正在用星籽的残能构建新的躯体！”话音未落，漩涡中心伸出无数暗紫色触须，触须表面布满眼睛，每只眼睛都映出船员们惊恐的面容。触须缠绕住星舰，开始吸收舰体上的神明本源力量。
在激烈的对抗中，秦逸突然发现触须的排列规律与翡翠星草药园的符文完全一致。他将银针化作数据流注入触须，试图寻找其弱点，却在意识空间中看到惊人一幕：无数被囚禁的文明意识正在被转化为暗紫色能量，而这些意识中，竟有初代道侣残留的一缕意识碎片。
“他们还在利用初代道侣的力量！”秦逸大喊，“必须救出这些意识，才能切断敌人的能量来源！”林婉释放全部治愈能量，在星舰周围形成净化领域，暂时逼退触须。两人将意识体分离，顺着触须的能量脉络潜入漩涡核心。那里矗立着一座由暗紫色晶体堆砌的祭坛，祭坛中央，那颗暗紫色种子正在疯狂吸收宇宙辐射，表面浮现出模糊的人脸轮廓。
与此同时，翡翠星上的混元熵钟突然逆向旋转，钟体内部传来齿轮错位的刺耳声响。无医书院的学徒们集体陷入昏迷，他们的梦境中重复着相同的画面：暗紫色的潮水淹没宇宙，所有文明在绝望中湮灭。明渊带领支援小队驾驶熵刃号赶来，却发现漩涡周围的空间被一层法则屏障笼罩，熵刃的攻击在触及屏障的瞬间就被反弹成致命的回波。
在祭坛深处，秦逸与林婉遭遇了由暗紫色能量凝聚而成的守卫。这些守卫的形态不断变化，时而化作终焉观测者的虚影，时而重组为归墟之主的残识。激烈的战斗中，林婉的治愈能量意外触及祭坛角落的一块晶体，晶体中封存着初代道侣最后的记忆：原来在创造星籽时，她就预见到了可能的灾难，因此在宇宙各处埋下了「希望火种」，只有集齐这些火种，才能真正摧毁暗紫色种子。
就在此时，暗紫色种子突然裂开，一个形似孩童的身影从中走出。他的皮肤半透明，内部流动着暗紫色与金色的能量，脸上却带着超越年龄的冷漠：“你们以为能阻止进化？这颗种子，是新宇宙的胎动。”他抬手召唤出更强大的暗紫色洪流，整个祭坛开始崩塌。千钧一发之际，秦逸与林婉启动了混元典魄的应急程序，典魄化作一道光柱，暂时压制住了种子的力量。
但在宇宙的另一头，暗紫色漩涡的波动引发了连锁反应。更多的时空裂缝开始出现，裂缝中隐约传来诡异的低语：“平衡已死，新生当立...”而在翡翠星的地下深处，一株暗紫色的藤蔓正顺着熵钟的根系悄然生长，藤蔓上结满了与那颗种子相似的果实。新的危机，正在看似平静的表象下，酝酿着足以颠覆一切的风暴。