混元医典净化熵影之主后的宇宙，看似重归平静，实则暗流涌动。翡翠星的熵钟圣殿前，人们载歌载舞庆祝胜利，而秦逸与林婉却站在圣殿顶层，望着熵钟表面尚未完全消退的暗紫色纹路，眉头紧锁。“医典虽然净化了大部分熵影之力，但宇宙中仍残留着零星的污染节点。”林婉的治愈能量探入纹路，却被一股微弱的排斥力弹回，“就像没有完全愈合的伤口，随时可能感染。”
秦逸握紧银针，针尖泛起的金芒映照着远处的星空：“青崖的量子监测站发现，在人马座星系边缘，出现了异常的能量波动，频率与熵影残留的暗物质完全吻合。”他调出全息星图，数十个红点在星图上若隐若现，“这些节点正在缓慢连接，似乎在编织某种神秘网络。”
两人决定兵分两路。林婉留守翡翠星，带领无医书院的医者们研究如何彻底净化混元医典残留的暗物质影响；秦逸则与明渊组成先遣队，驾驶“净念号”星舰前往人马座星系。当星舰进入目标星域，导航系统突然发出刺耳警报，舷窗外，原本璀璨的星云竟化作一张巨大的暗紫色人脸，其五官与熵影之主如出一辙，正咧开黑洞般的巨口，将星舰吸入其中。
“是熵影残留意识构建的精神迷宫！”明渊挥动熵刃，试图劈开空间，却发现刀刃陷入虚无。秦逸迅速甩出银针，金芒在虚空中勾勒出《黄帝内经》的定魂符，短暂照亮四周。他们看到无数透明人影在黑暗中游荡，这些人影皆是被熵影之力吞噬的生命，此刻正被锁链束缚，不断重复着绝望的嘶吼。
“这些灵魂被困在记忆的轮回中。”秦逸将银针刺入最近的人影，金芒顺着锁链蔓延，“必须斩断锁链，才能找到出口。”但每斩断一条锁链，就会有更多暗紫色触手从虚空中伸出，将灵魂重新束缚。明渊突然发现：“这些触手的节点连接着远处的核心，只要摧毁核心，就能瓦解整个迷宫！”
两人艰难地朝着核心前进，途中遭遇由熵影执念凝聚的怪物袭击。这些怪物形态各异，有的化作巨型荆棘，有的变成流动的暗物质巨蟒，每一次攻击都附带精神污染。秦逸与明渊背靠背作战，银针的金芒与熵刃的寒光交织，在黑暗中划出璀璨的轨迹。当他们终于抵达核心，却发现那里矗立着一座由无数荆棘王冠堆砌的祭坛，祭坛中央悬浮着一颗跳动的暗紫色心脏——正是熵影残留意识的核心。
与此同时，翡翠星上的林婉也陷入危机。无医书院的地下实验室中，用于研究的熵影样本突然暴走，将数位医者感染成半人半影的怪物。这些怪物的身体不断在实体与虚体间切换，常规攻击对其毫无作用。林婉释放治愈能量，却发现能量被怪物吸收后，反而加速了他们的异化。“这些怪物的生命形态介于存在与虚无之间...”她凝视着怪物胸口闪烁的暗紫色结晶，“就像熵影之力与生命本源的扭曲融合！”
关键时刻，林婉想起混元医典中记载的“虚实调和”之术。她将治愈能量分成阴阳两股，阴性能量冻结怪物的虚体状态，阳性能量则净化其体内的熵影污染。随着光芒闪耀，怪物们恢复成正常医者，但他们的记忆中，却残留着一段神秘讯息：“暗影之潮，即将觉醒。”
人马座星系的精神迷宫里，秦逸与明渊合力攻击暗紫色心脏。银针的金芒与熵刃的寒光刺入心脏的瞬间，整个迷宫开始崩塌。然而，在心脏破碎的刹那，一道暗紫色流光冲破星舰防护罩，径直朝着翡翠星飞去。秦逸瞳孔骤缩：“不好！这是熵影之主最后的意识核心，它要去摧毁混元医典！”
当星舰紧急跃迁回翡翠星，迎接他们的是一片狼藉的熵钟圣殿。混元医典被暗紫色能量包裹，悬浮在空中缓缓转动，医典表面的医道符文正在被逐一侵蚀。熵影之主的声音再次响起，这次带着志得意满的疯狂：“你们以为净化就能终结一切？当医典被彻底污染，整个宇宙将迎来真正的...暗影纪元！”