熵茧危机虽暂时平息，携带熵毒的孢子却如星火燎原般在宇宙中蔓延。无医书院的监测系统不断闪烁红光，新的茧房在各星系边缘悄然成型。明渊握紧手中的熵刃，刀刃上倒映着金属残片的神秘符号，这些符号与秦逸散落在宇宙的银针产生微弱共鸣，最终将线索指向宇宙诞生的奇点——那里，时空规则混乱，熵海能量与创世余波交织成危险的漩涡。
当新芽号率领舰队靠近奇点时，空间开始扭曲成莫比乌斯环的形态，所有导航设备陷入疯狂旋转。林婉的意识碎片化作金色经络缠绕船体，却发现这里的时空如破碎的镜面，每个碎片都映照出不同的历史：有的宇宙中归墟之主早已吞噬一切，有的则显示初代道侣成功封印熵海，还有的画面里，林婉与秦逸从未存在过。
“小心！这里的时间线会吞噬闯入者！”青崖话音未落，一名队员的手臂突然开始消散，他惊恐地看着自己的身体从未来往过去逆向崩解。千钧一发之际，秦逸的银针组成时光锁链，将队员拉回现实。但银针表面出现了细密的裂纹，仿佛承受不住时空的重压。
为了突破奇点的时空屏障，明渊尝试挥动熵刃切割空间。刀刃划过之处，竟显露出被篡改的时间线——原来归墟之主早已渗透到各个历史节点，暗中操控着关键事件的走向。林婉的意识与这些时间碎片共鸣，她“看”到初代道侣在实验室中徘徊的身影，对方的每一个抉择都被归墟之主的意识悄然影响。
“我们必须修复被篡改的时间线！”林婉的声音在队员们脑海中响起。秦逸的银针自动排列，组成“时光缝合针”，但每一次对时间的干预，都引发了平行宇宙的崩塌。在修复某个节点时，他们亲眼目睹一个繁荣的文明在眼前化为虚无，只因修正了一场本应发生的瘟疫。
“这样下去不行！”明渊抹去额头的冷汗，“我们需要找到归墟之主在时间线上的锚点。”通过分析熵刃与银针的共鸣频率，他们发现所有异常时间波动都指向一个共同的历史坐标——初代道侣启动归墟引擎的瞬间。那里，时间与空间产生了永恒的纠缠，成为归墟之主操控一切的枢纽。
当舰队强行突破时空屏障，抵达核心区域时，映入眼帘的是一座悬浮在混沌中的巨型时钟。时钟的齿轮由初代道侣的意识残渣铸造，每一次转动都在改写现实。归墟之主的虚影从时钟表面浮现，他的声音裹挟着无数时空的回响：“你们以为能逆转命运？这些时间线，本就是我为你们准备的牢笼！”
话音未落，无数逆医从时间裂隙中涌出，他们的身体呈现出不同历史时期的形态，手中的武器能攻击过去与未来的敌人。明渊挥舞熵刃，试图斩断时钟的主轴，却发现刀刃每次触及都会被吸入时间漩涡。青崖则带领队员用书院研制的“因果手雷”攻击逆医，这些手雷能将敌人送回其诞生的时间点，却也可能改变历史走向。
混乱中，林婉的意识碎片突然与初代道侣的残念产生共鸣。她“看”到了惊人的真相：道侣并非被归墟之主完全操控，而是故意留下破绽，希望后世能在对抗中找到超越熵增的真正力量。这个认知让林婉与秦逸的意识融合体爆发出耀眼光芒，他们引导银针组成“永恒针阵”，强行固定住紊乱的时间线。
明渊抓住机会，将熵刃刺入时钟核心。刀刃与量子符碎片共鸣，引发了时空震荡。归墟之主的虚影发出愤怒的咆哮，时钟开始崩解，被篡改的时间线逐渐恢复原貌。但在时钟彻底毁坏前，归墟之主的一缕意识遁入更深的时空裂隙，他的声音回荡在宇宙：“这不过是第一幕，真正的好戏，还在后头……”
战斗结束后，新芽号的队员们疲惫地看着逐渐稳定的时空。虽然暂时挫败了归墟之主的时间阴谋，但他们知道，敌人依然在暗处谋划着更可怕的计划。而林婉与秦逸的意识融合体在共生树顶光芒大盛——通过这次时空之旅，他们似乎触摸到了对抗熵增的新方向，那是超越医疗与毁灭的，真正的宇宙法则。