空木博士是城都地区有名的宝可梦博士，在游戏中，空木博士是大木博士的晚辈。他的研究课题是“宝可梦培育与宝可梦的蛋”，皮卡丘居然有进化前形态也是他第一个发现的，蛋群也是他研究出的。此外也研究宝可梦的特性和进化，大木博士曾称赞空木博士是宝可梦进化的顶尖研究人士。
虽然是这么说，实际上空木博士在所有游戏版本的宝可梦博士之中属于是那种没有什么特点、很容易被人遗忘和忽略的那种。他研究宝可梦培育和宝可梦的蛋，但是在游戏中，他并没有对玩家进行这方面的指导，在游戏里面唯一和宝可梦的蛋有关的事情也就是游戏刚开始的时候，空木博士会让主角去宝可梦爷爷的家拿回来新发现的神奇蛋，因此把最初的伙伴交给了主角，并给出了自己的宝可装置号码。之后从空木博士的助手处获得调查过的蛋并孵化出波克比后，可把它带空木博士看他会送出不变之石。
直树和叶子进入了研究所，得知两人的来意后，空木博士非常热情地邀请两人住下，并且用研究所里面的仪器为两颗未孵化的宝可梦蛋做了全面检查。他能这么热情也是多亏了大木博士，空木博士是大木博士的铁杆粉丝，对直树和叶子热情应该就是所谓的爱屋及乌。
说起来现实中的空木博士和游戏里面的很像，他是一个研究狂，直树也能够理解为什么在游戏中他和主角之间的互动很少了，毕竟忙成这样，也不太可能给其他人太多的关心，光是顾着家人就不错了。空木博士的研究所旁就是他的家，他的妻子和孩子一起住在那，他的孩子长大后想像他的父亲一样成为宝可梦博士。同样身为宝可梦博士的儿子，直树心里可一点这种想法都没有，只能说这孩子还太年轻了。
两人在空木研究所停留了几天，帮助空木博士研究的同时也从他那里学到了不少关于宝可梦培育的知识。直树才发现空木博士还有话痨的一面，说起有关研究的事情的时候，他总是能够说个不停。
另外，经过这些天的孵化，直树和叶子从正辉博士那里得到的宝可梦蛋就快要孵化了。宝可梦在从蛋里孵化出来之后会有很小的一段婴儿期，根据种类的不同，时间从数分钟到数小时不等，和人类相比算是非常快了，进入幼儿期后，宝可梦的等级就会固定在lv.5，如果蛋内的营养不够的话等级可能会稍微低一些，不过这并不会有什么影响，后续只要好好吃东西、锻炼，等级自然就会上去。宝可梦的个体值在它还是蛋的时候就已经决定了。
又过了几天后，两只宝可梦都成功破壳，亲自从蛋里孵化出来的宝可梦对训练家会更加的亲密，不过以宝可梦的智商，它们是不可能把第一眼看到的人当成父母的就是了。
“哦！居然是小仙奶啊！这只宝可梦的进化方式可是独一无二的哦！”空木博士用手指托了托眼镜，有些兴奋地说道。
“小奶仙携带自己喜欢的糖饰，原地转圈圈地话就能够进化成霜奶仙哦！根据携带的糖饰不同，还有旋转的方向和时间长短以及所处的时间段不一样，进化成的霜奶仙的样子也会不同。”
“小仙奶进化为霜奶仙的方法感觉就像是淡奶油搅拌形成发泡的过程一样呢。”
直树愣了一下，道：“博士你还会做甜点吗？”
“诶？”空木博士挠了挠头发，说道：“哈哈，一点小小的爱好啦，研究的时候用脑过度总喜欢吃点甜食。”
“还真是意外呢！”叶子有些惊讶地说道，毕竟空木博士这形象，怎么看都不像是会喜欢吃甜食到自己去制作的那种人。
“说起来，叶子你想要让小奶仙快点进化吗？如果你想的话，我可以联系满金市的百货公司订货哦。”空木博士没有继续甜点的话题。
“小仙奶只要学会甜甜香气这个招式之后，早些或者晚些进化成霜奶仙都不会影响它学习招式，早点进化的话能够变得更加强，而且培育起来也会更加地简单一些。”
“好啊！”叶子点了点头，她本就是因为喜欢霜奶仙所以才选择这只宝可梦的，小奶仙能够尽快进化自然是最好的。
直树的想法和叶子正好相反，当然，直树说的不是小奶仙，而是新叶喵。新叶喵小小一只，可以抱在怀里随便rua，进化了可就不行了。说起来这只新叶喵虽然是固执性格的，但是感觉上完全就是怕寂寞的性格，十分的爱撒娇，只要稍微不关注它，它就会闹别扭，直树干脆就一直抱着它。
众宝可梦都很喜欢这只新加入的小家伙，小雪和沙奈朵总是会表现出吃醋的样子，但是它们又不好意思和一个孩子争。
“好了，我已经拜托满金市的百货商店订购糖饰了，你们到时候过去取就好了。”空木博士去打了一个电话后回来说道。
“多谢你，博士。”叶子鞠躬道谢。
“没事！没事！就当是你们这些天给我帮忙的谢礼好了。”
......
在空木研究所停留了一段时间后，直树和叶子作别了空木博士，准备再次出发回到满金市，不过这一次两人不再走路，而是来到吉花市之后直接乘坐喷火龙飞过去。穿过中间的海域和森林，路程要比走过来的时候短得多，中间只要在森林中停下休息一天就足够了。
宝可梦世界中地图没有标注过的森林和海域往往充斥着风险与机遇，直树和叶子在海上遇上了成群的暴鲤龙，那些暴鲤龙被直树的沙奈朵用十万伏特教训了一遍，随后两人在森林中遇到了一群飞天螳螂，不过它们没敢过来找喷火龙的麻烦，只是远远地观望了一下，直树和叶子也没有主动过去招惹它们。
来到满金市之后，两人第一时间在百货商店取了包裹，随后，直树和叶子看着各种各样的糖饰陷入了选择困难。