当缱绻、白夜和宙天在一天天成长的时候，耶和帝神一直在闭关养伤。
说是静修养伤，但其实耶和帝神从来没有真正的闲下来，他一边得用心饰演灵女神复活的过程，一边还得继续研究倪可神母子等的复活方法，同时，他将主要的精力都集中在了一件重大事情上，那便是设法阻止“时光隧道”中预测的“宇宙大坍缩”，由于“微观至尊”没能取回，他不得不另定策略应对这场可怕的巨型危机。
一转眼，几百年过去了，可是耶和帝神依然没能找到有效的办法阻止“宇宙大坍缩”。
于是，耶和帝神又一次查看了“时光隧道”里预测的未来，即“时空法则”。他发现在每一种可能性中，当时间线抵达一万多年前往后不久时，“宇宙大坍缩”都会如期到来。
究竟“献祭台”中的剩余十亿年暗能量，为何突然之间消失了呢？
耶和帝神曾猜测，难道是寄生花所为？毕竟它们小到连肉眼都看不见，可它们是如何悄无声息盗走能量的？
后来，耶和帝神又想到，如果不把“献祭台”交个某神托管、或者放弃更换它的结界，是否就能避开预测的“宇宙大坍缩”？但是如此这般，等同于故意违背宇宙的“时空法则”，很有可能会促使“宇宙大坍缩”更快的、更猛烈的发生。
最终，耶和帝神深思一番，决定通过灵力试着研究人造奇点，他期待在紧急情况下，能利用它们给宇宙供应暗能量。然而宇宙是无穷的，据测试，人造奇点实在不足以支撑起整个宇宙。
是以，耶和帝神无论如何也研发不出一个合适的人造奇点。
岁月如梭，时光荏苒，不知不觉中，六千九百多年过去了。
按照“时光隧道”中预测的“时空法则”，即灵女神死去的那种可能性中的未来，此时她应该成长到十九岁了。于是这一年，耶和帝神掐准时机，运用魔杖的特殊功能，使它瞬间置身宇宙之内，将灵女神悄悄移了回来，这是使她既不违背“时空法则”，又能巧妙地避开解体自杀的唯一办法了。
这一回，灵女神终于真正的复活重生，不，她是从此正式回归无穷宇宙。
接下来，耶和帝神重设了魔杖的宇宙管理功能，并将它和“银河之光”UFo一同交给了灵女神。而后，他要求灵女神假装失去记忆，及必须在人前隐藏实力，因此灵女神变成了圣神族的灵力级别排名第三，以便掩人耳目。
灵女神经过漫长的二十亿年忏悔后，心境平和了许多，其实她也一直在等待回归，因为她太思念她的耶和帝神了，所以她决心，往后余生要好好活着。
然此事之后，耶和帝神渐渐忧心起来，他等来了他深爱的灵女神，可却也走近了不久后的“宇宙大坍缩”。
耶和帝神无法放弃宇宙，也不会放弃他和灵女神的未来，感慨良多的他，再一次步入了“时光隧道”。这时，他惊异地发现，“时光隧道”预测的未来的可能性里，居然莫名多出了一种，在此种可能性中，原本很快将要发生的“宇宙大坍缩”，竟然被延后了一万年之久。
耶和帝神认为，一定是灵女神回归导致了变化，由此推断，灵女神可以再次阻止“宇宙大坍缩”。三十亿年前，灵女神主导“宇宙总三界之生物大解体”，最后意外地延续了宇宙的命运，带来了新的未来，但为此她产生了强烈的自杀倾向，这一次，她又将面临什么呢？他和她又会面临怎样的分离？
可惜“时光隧道”短期内无法参透细节，耶和帝神想着，或许他不该推举灵女神成为宇宙的最高掌管者，如今她的权限甚至高出他，以至于他觉得她有时候着实令人琢磨不透。
另外，耶和帝神发现，在“宇宙大坍缩”被解决后，即宇宙的寿命被延长的那种情况下，圣神族遭遇了有史以来最大的一场危机。
可是，他们恐怕没有办法避开，除非所有成员彻底退出宇宙。
耶和帝神一贯以为，宇宙是他们的家园，圣神族自诞生起，便负责守护宇宙和宇宙内的一切生灵，这才是圣神族存在的真正意义。
故此，他们不能就此逃走。
所以，耶和帝神决定去做一件事情。
此年此月，时间线正好抵达了一万多年前。