处理完东、西神族的事情后，耶和帝神火急火燎赶回了圣神族的基地，因为他有急事等着处理，那便是，灵女神马上要出生了。
回到宫殿后，耶和帝神独自为他的灵女神完成了接生。他高兴极了，特地为这个婴儿加上结界，其后放入了胸前，希望她能日日享受他的灵力庇护，并从小成长在他温暖的怀抱中。
而后，耶和帝神对耶都神、里雅神说明了外面发生的事情。
耶和帝神严肃地提到，银河系的地球上当前出现了一批“寄生花”。随后他谈到，经过仔细查探各界，目前已经确认红头发塔耳是“幽灵草”，其他的暂且无法确认，因为他检测了塔耳常去的“七色撒旦园”，也检查过东方神族的两头神兽，以及任何看似诡异的天神，但是均没有发现“寄生花”的踪迹，所以他猜测，是狡诈的塔耳通知它们藏了起来，故此只能等着这家伙自己引出它们。
紧接着，耶和帝神安排耶都神、里雅神重新启动巡视宇宙，要求他们负责宇宙内的所有区域，检查其他星系是否也出现了“寄生花”等，还规定他们每七千年回归一次。
此外，耶和帝神讲明，先前返回宇宙时，他曾使用灵力提速，以及回来后为了复活父羲神、女娲神和卡俄神的一家，他暂时受伤了，近期必须静修养伤，告知他们如无紧急情况，尽可能不要打搅他。
为了确保安全，耶和帝神特地将圣神族的基地搬到了更隐蔽的地方，而后带着重生的灵女神闭关了，他一边养伤，一边抚养灵女神，同时继续研究着倪可神母子等的复活方法。
接下来，耶都神、里雅神出发去巡视宇宙了。
离开的两位神不可能知道的是，耶和帝神选择闭关还有另一个重大原因，那就是，灵女神其实从未真正的死去。
原来在二十亿年前，灵女神完成各星系的祭祀活动后，再次走上了“献祭台”，她试图利用魔杖解体自杀，然在最后的那一瞬间，她被紧急赶回的耶和帝神救了。
很早的时候，耶和帝神专门针对宇宙研发了一个魔杖，后来，他将它变成了宇宙管理器，但这只是魔杖众多功能中的一个而已。
那天，耶和帝神赶到的时候，发现灵女神用魔杖封锁了自己，且使用灵力加速了解体程序，因而来不及阻止她，于是只好解除了魔杖对宇宙的所有管理功能，并中止了它的一切执行命令功能，同时利用魔杖将灵女神移出了宇宙。
至此，魔杖跟宇宙彻底失去了关联，灵女神为此得以幸存。
可是，灵女神究竟去了哪里呢？
想必没有人会料到，魔杖居然有一个隐藏的特殊功能，即它可以变大，大到足以容纳两到三个人正常生存，更神奇的是，它可以像变魔法般，瞬间置身宇宙之外，成为一个小小的临时宇宙，它将跟“宇宙至尊”共用一个中心点，除此之外，它是完完全全独立的。
耶和帝神正是利用了魔杖的此项奇异功能，将灵女神送去了宇宙之外。
从此往后的二十亿年，灵女神一直隐居在她的魔杖中。在发现自己被救下之后，她的心情十分复杂，遂日复一日的忏悔、祈福，或是闭关打坐，日子过得极为简单。
耶和帝神即便对灵女神思念无比，也从未去魔杖中看过她，因为这涉及“时空法则”，所以他不能前去。
任何类似“宇宙至尊”这样的无穷宇宙，都会被定义为“自然宇宙”。而每一个自然宇宙，都有一套对应的无法变更的“时空法则”，也即是宇宙的命运，可以类比成人类的命运。如果你想在自然宇宙中一直存在下去，那么绝不可以违背“时空法则”，除非你愿意从此退出宇宙，或者接受被彻底消亡。
耶和帝神当初发明“时光隧道”，主要是为了预测未来，其实在里面看到的，正是预测的“时空法则”。当然，并不是走进“时光隧道”，就可以饱览一切，因为通道里不止一种可能性，并且区分地域、时空段和人物等，所以无法轻易的参透。
那年灵女神主导生物大解体时，耶和帝神猜到她事后会选择自杀，于是花了好多心思翻看她的一系列事件，他发现在灵女神死去的那种可能性中，复活她将困难重重，等到一万七千多年前往后，她方顺利出生。
是以，耶和帝神不愿看着灵女神死去，故不惜代价赶回来阻止她，但是灵女神太过机灵，致使他根本来不及救她，因此不得不选择送她离开宇宙。
考虑到“时空法则”不可违背，耶和帝神放弃了探望她，多年以来，他用心的饰演着灵女神复活的整个过程，期待着未来某一天，她能有机会重回宇宙。